千年一次的彗星之夜里愿望将会实现…立志成为出色的宝可梦训练家的小智小遥和小胜带著皮卡丘展开了新的旅程为了观看千年彗星出现的刹那来到法恩斯游乐场并认识魔术师巴特勒与黛安在魔术表演中小胜听到一阵细微的呼唤声…那是在沉眠之茧中沉睡了千年可帮助人类达成愿望的神奇宝贝─基拉祈在千年彗星出现的夜晚如果遇到拥有纯真心灵的伙伴便会苏醒为了让基拉祈醒来巴特勒请小胜当基拉祈的伙伴果然基拉祈从万花镜般的光芒中苏醒过来虽然基拉祈只能停留短暂的7日就会再消失但是头一次拥有属于自己的神奇宝贝的小胜对基拉祈却非常宠爱充满野心的魔术师巴特勒因为知道基拉祈具有神奇的力量便把基拉祈给抢走并且想利用他来完成愿望不怀好意的巴特勒他的愿望是什么呢小智与小胜要如何克服困难成功救出同伴呢小胜与基拉祈又会面临怎样的生离死别呢