小智一行人抵达了小光预备参加神奇宝贝华丽大赛的白杨镇在那里他们认识了驾驶热气球的女子艾莉丝其青梅竹马东尼欧以及艾伯特男爵由于艾伯特男爵认定隐居于城镇庭园中的黑暗神奇宝贝达克莱伊是近日来破坏城镇的元凶并准备讨伐它然而东尼欧的想法却不同他侦测到在白杨镇的上方有一股异常的冲击波而那正是传说中分别掌控时间的帝牙卢卡与空间的帕路奇犽这两大神奇宝贝在次元之夹缝中大战所造成；而达克莱伊的攻击并是为了让它们远离这座城镇随着两大神的争斗越来越激烈终于在白杨镇的名景时空之塔的上方产生了空间裂缝两大神的争斗场所于是转移到了白杨镇小智他们该如何阻止这场危机而众人对达克莱伊的误解又会如何化解激烈的时空对决即将展开
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