湄洲岛奇缘讲述的是台湾光复后的一九四六年在海南某码头当年被日军掳到海南做苦力的台湾劳工林志雄带着身怀六甲的妻子阿清终于登上了台湾安祥号轮船返乡天有不测风云安祥号在返乡途中失去动力老天爷抛弃了这条满载劳工的旧船祸不单行屋漏又逢连阴雨阿清就要生产了阿清终于生下了林海安林海祥一对可爱的双胞胎分离在即林志雄夫妇把亲生儿子林海祥留在了湄洲岛上带着难舍的情缘离开了湄洲返回台湾从此数十年隔海想望两地相思五十多年后随台湾妈祖信徒进香团到湄洲岛妈祖祖庙进香摄影寻亲的林永吉林海安之子失足落水被湄洲姑娘杨秀湄所救在时间飞驰的日子里永吉秀湄他们默默地相爱了老天造化弄人永吉的母亲无意中发现秀湄是永吉的堂妹为怕日后悲剧发生于是断然阻止孩子们之间的继续交往痛苦欲绝的秀湄心冷彻骨的永吉山穷水复疑无路柳暗花明又一村秀湄的父亲讲述了一个藏在内心深处离奇而又让人心动的往事