1937年日本军队进入沦陷的南京城奉命掩埋中国死难士兵和战俘尸体与此同时市中心的圣马德伦教堂中迎来了一群不速之客十来个女学生和秦淮河女子她们殊途同归只为同一件事――逃难紧接着许多男人也因为各种原因进入了教堂围墙外的日军寻找各种借口进入教堂圣马德伦教堂的后院成为他们填埋尸体掩盖罪证的目标国际安全区的组织者尝试各种解救教堂被困人员的方案却屡屡失败教堂中的男人们为了保护藏在教堂阁楼和地窖中的女人献出了自己的生命女人们或者选择了有尊严地死去或者进行了最壮烈的抵抗在这四十九个日夜里他们和她们在一次次地求生抵抗毁灭和复活中缔结了爱情亲情和友情曾懦弱的变成了勇士；曾迷失的找到了方向；曾虚无的得到了收获；曾有罪的完成了救赎