前作STORY在遥远的4000年前邪恶的黑暗种族迪塞安引起了的古代战争传说的勇者米特斯在圣地卡兰与女神玛蒂尔缔结契约将迪塞安封印终结了战争拯救世界不过米特斯亦在这个时候丧失了生命时间流逝被封印的迪塞安再次出现在西尔瓦蓝特各地带来恐怖迪塞安支配着人类并在各地绑架人类把他们收容在被称为人类牧场的生物实验设施迪塞安除了支配之外又在榨取玛那使世界的衰亡喘息的人们期待着神子的降临希望他能拯救世界故事的舞台从邻近玛蒂尔教会圣堂的神讬之村依莎莉亚开始有一天罗伊德在学校知道了青梅竹马的少女柯蕾特就是神谕降临并是世界再生的重要钥匙玛那血族的后裔为了拯救因榨取玛那而正在衰退的西尔瓦蓝世界柯蕾特就作为神子展开世界再生的旅行