1999年一颗巨大陨石坠落在南太平洋亚塔利亚岛经过调查之后发现宇宙中有可能为人类历史上最大强敌的高等生物存在于是各国政府冻结了国家之间的利害关系成立了统合军意图整合世界现有国家组成单一人类政府并开始重建这艘代号为ASS1的外星太空船然而也就是在这个时候以苏联为首的华约集团却主张应重视各国之间文化的差异而反对这项同盟并组成反统合军同盟与由西方国家主导的统合军对抗在2000到2007年之间双方为取得外星人的遗迹与科技而在世界各地进行激烈的争夺与互角后世称为第一次统合战争2008年统合战争告一段落反统合军势力亦大致遭到压制据报在南太平洋的玛雅岛上发现外星人的遗迹统合军便出动特遣舰队前往回收然而同样得知消息的反统合军同盟残存势力也派出了特遣舰队企图抢在统合军之前回收这项重要的技术并扳回当前的颓势双方在这太平洋小岛的周边展开了一场激烈的海空大战此时主角工藤真以统合军战斗机飞行员的身分加入了这场战斗