2000年一个科学探险队在南极洲针对被称作第一使徒亚当的光之巨人进行探险在对其进行接触实验时光之巨人自毁从而发生了第二次冲击进而导致世界大战最后人类人口减半地轴偏转气候改变根据对第二次冲击的调查联合国在日本箱根成立人工进化研究所即GEHIRN从事EVA指机器人的发展研究后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部另一方面联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化开始实行人类补完计划就是将所有人的灵魂汇集在一起通过中和每个人的AT力场使每个人回归LCL之海2004年EVA初号机进行启动试验时发生事故碇真嗣的母亲碇唯消失碇源堂开始执行碇源堂版本的人类补完计划2010年GEHIRN被改建成NERV2015年开始根据SEELE人类补完计划剧本的安排一种不明巨型生物使徒开始在日本登陆并向NERV总部进攻NERV组织EVA消灭使徒在NERV与使徒作战的同时碇源堂秘密地执行它自己的计划随着时间推移碇源堂的计划逐渐被SEELE发现NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化这一矛盾在电视版中没有得到解决在剧场版中NERV于SEELE的矛盾激化SEELE派出军队进攻NERV在占领了NERV后发动了第三次冲击全人类全部化为LCL之海只有碇真嗣和明日香留了下来